De ARTIS-Bibliotheek (G.B. en vooral zijn zoon A. Salm) ontstond tussen 1867 en 1872. De Westelijke vleugel heette aanvankelijk Faunagebouw, omdat een deel van de collectie zoölogische preparaten en schelpen daar was tentoongesteld. Tussen 1894 en 1965 waren op de bovenverdieping ook de door P.L. Steenhuizen geprepareerde natuurtaferelen van het Museum der Nederlandse Fauna te zien, in glazen vitrines of onder hoge stolpen opgesteld. Ook was er een Japans Museum, een "torrenkamer" en een schelpenmuseum.
Indrukwekkende collectie
Grondlegger van de indrukwekkende boekencollectie was ARTIS-oprichter en -directeur G.F. Westerman (1807-1890), voordien boekhandelaar van beroep. Die collectie werd in 1939 in bezit overgedragen aan de Universiteit van Amsterdam. In 2005 is een groot deel van de 20ste-eeuwse collectie verhuisd naar de bibliotheek van het Zoölogisch Museum van de UvA aan de Mauritskade en van daaruit, in 2011, naar het NCB in Leiden. De oorspronkelijke ARTIS-collectie mocht in haar eigen sfeervolle, oude zaal blijven, inclusief de atlassen van Blaau, de beroemde Description de l’Egypte uit Napoleons tijd, de vroege drukken van M. S. Merian haar Surinaamse Insecten en de fraaie verzameling Linnaeana, de tweede ter wereld.
De ARTIS-Bibliotheek, met zeldzame boeken, originele tekeningen en prenten op het gebied van natuurlijke historie, vertegenwoordigt de wetenschappelijke ambitie van het ARTIS-genootschap. Tegenwoordig wordt de collectie beheerd door het Allard Pierson , het museum en kennisinstituut voor de erfgoedcollecties van de Universiteit van Amsterdam. De Bibliotheek fungeert nog altijd als studie- en werkbibliotheek. De monumentale Bibliotheekzaal vormt met haar originele meubels en schilderijen een zeldzaam volledig 19de-eeuws interieurensemble.
Nachtdierenhuis
Tot 1920 diende een deel van de benedenverdieping als zebra- en paardenstal. De laatste quagga, een zebra met heel weinig strepen, overleed daar op 12 augustus 1883. Inmiddels blijkt deze vorm geen aparte soort, maar hooguit een ondersoort te zijn geweest. Ook had de ARTIS-kunstenaar Jaap Kaas er bijna twintig jaar lang, tot 1945, een eigen atelier. Tussen 1963 en 1989 was in de voormalige stallen het eerste Nachtdierenhuis te zien, een noviteit in de dierentuinwereld. De twaalf grote, pastelkleurige dierengraffito's aan de straatzijde, een gemeente-opdracht aan J. Groenestein, dateren van 1952.
Het Faunagebouw
De westelijke vleugel van de ARTIS-Bibliotheek werd vroeger het Faunagebouw genoemd, omdat hier de Nederlandse natuur werd tentoongesteld. Tussen 1894 en 1965 waren in dit Museum der Nederlandse Fauna geprepareerde natuurtaferelen achter glas te zien, vervaardigd door ARTIS-preparateur Steenhuizen. Ook was er een ‘torrenkamer’ en een schelpenmuseum.